กฎหมายสิทธิบัตรของไทยเปิดโอกาสให้มีการใช้มาตรการบังคับใช้สิทธิอย่างกว้างขวาง ทั้งที่เป็นมาตรการบังคับใช้สิทธิเมื่อมีการขอใช้สิทธิบัตรโดยเอกชนและการใช้มาตรการบังคับใช้สิทธิโดยรัฐ (Government Use) โดยการใช้สิทธิโดยเอกชนจะเกิดขึ้นเมื่อผู้ทรงสิทธิบัตรไม่ผลิตหรือขายผลิตภัณฑ์ตามสิทธิบัตรนั้น หรือเมื่อมีการขายผลิตภัณฑ์นั้นในราคาที่สูงเกินสมควรหรือไม่เพียงพอต่อความต้องการของประชาชน ส่วนการใช้มาตรการบังคับใช้สิทธิโดยรัฐอาจเกิดขึ้นได้ในหลายกรณีเช่น เพื่อป้องกันหรือบรรเทาการขาดแคลนอาหาร ยาหรือสิ่งอุปโภคบริโภคอย่างรุนแรง หรือเพื่อประโยชน์สาธารณะอย่างอื่น เป็นต้น
ในการใช้มาตรการบังคับใช้สิทธิดังกล่าวข้างต้น เอกชนหรือรัฐต่างต้องจ่ายค่าตอบแทนให้แก่ผู้ทรงสิทธิด้วย แต่การใช้มาตรการบังคับใช้สิทธิเหล่านี้มีอุปสรรคที่สำคัญ 2 ประการคือ อุปสรรคทางการเมืองและทางกฎหมาย สำหรับอุปสรรคทางการเมืองก็คือ ประเทศที่เป็นมหาอำนาจทางเศรษฐกิจมักจะกดดันไม่ให้ประเทศกำลังพัฒนาทั้งหลายใช้มาตรการบังคับใช้สิทธิเพราะจะเป็นการกระทบกระเทือนต่อผลประโยชน์ของผู้ทรงสิทธิบัตรซึ่งมักจะเป็นผู้ประกอบการในประเทศมหาอำนาจเหล่านั้น โดยประเทศมหาอำนาจมักจะขู่ว่าจะใช้มาตรการตอบโต้ทางการค้าหากประเทศกำลังพัฒนาใช้มาตรการบังคับใช้สิทธิ ด้วยเหตุนี้เองจึงทำให้ประเทศกำลังพัฒนาส่วนใหญ่ไม่สามารถใช้มาตรการบังคับใช้สิทธิได้ส่วนอุปสรรคทางกฎหมายนั้นเกิดขึ้นจากการที่ความตกลงทริปส์มาตรา 31 (f) ได้กำหนดไว้ว่าผลิตภัณฑ์ที่ผลิตขึ้นตามมาตรการบังคับใช้สิทธินั้นสามารถนำไปจำหน่ายได้ในประเทศที่ใช้มาตรการบังคับใช้สิทธิเท่านั้น การกำหนดหลักการเช่นนี้ทำให้ประเทศกำลังพัฒนาส่วนใหญ่ที่ไม่มีศักยภาพในด้านเทคโนโลยีเพียงพอในการผลิตยาไม่สามารถอนุญาตให้บริษัทผลิตยาสามัญในต่างประเทศผลิตผลิตภัณฑ์ยานั้น แล้วนำผลิตภัณฑ์ยานั้นเข้ามาจำหน่ายในประเทศไทย เนื่องจากการผลิตผลิตภัณฑ์ยานั้นอาจเป็นการละเมิดสิทธิบัตรของผู้ทรงสิทธิบัตรนั้นในต่างประเทศ นอกจากนั้น แม้รัฐหรือเอกชนในประเทศกำลังพัฒนาจะมีศักยภาพเพียงพอในการผลิตผลิตภัณฑ์ยา แต่การกำหนดห้ามมิให้นำผลิตภัณฑ์ที่ผลิตขึ้นตามมาตรการบังคับใช้สิทธินั้นออกจำหน่ายในต่างประเทศก็จะทำให้ต้นทุนในการผลิตผลิตภัณฑ์นั้นสูงขึ้นและไม่คุ้มค่าแก่การลงทุน ซึ่งนับว่าจะเป็นอุปสรรคอย่างยิ่งต่อการใช้มาตรการบังคับใช้สิทธิในประเทศกำลังพัฒนา
ในการประชุมคณะมนตรีองค์การการค้าโลกที่กรุงโดฮาเมื่อเดือนพฤศจิกายน 2001 ประเด็นเกี่ยวกับอุปสรรคของประเทศกำลังพัฒนาในการใช้มาตรการบังคับใช้สิทธิดังกล่าวข้างต้นได้ถูกหยิบยกขึ้นมาพิจารณาอย่างจริงจัง และในที่สุดปฏิญญาโดฮาว่าด้วยความตกลงทริปส์และสุขภาพ (Doha Declaration on the TRIPS Agreement and Public Health) ก็ได้ตระหนักถึงปัญหาเหล่านี้และได้กำหนดให้คณะมนตรีของทริปส์ (TRIPS Council) ไปดำเนินการหาวิธีการในการแก้ไขอุปสรรคทางกฎหมายเช่นนี้ต่อไปในทางตรงกันข้าม ความตกลงการค้าเสรีที่สหรัฐได้ทำขึ้นกลับต้องการจำกัดการใช้มาตรการบังคับใช้สิทธิของประเทศคู่ค้า โดยกำหนดให้การใช้มาตรการบังคับใช้สิทธิจะกระทำได้ต่อเมื่อมีการกระทำอันเป็นการจำกัดการแข่งขัน (Anti-competitive Practice) ตามกฎหมายว่าด้วยการแข่งขันทางการค้าเท่านั้น และการใช้มาตรการบังคับใช้สิทธิจะกระทำได้หลังจากที่ได้ผ่านกระบวนการยุติธรรมหรือกระบวนการทางบริหารของกฎหมายแข่งขันทางการค้านั้นแล้วเท่านั้น ซึ่งการกำหนดเงื่อนไขเช่นนี้จะเป็นอุปสรรคต่อประเทศกำลังพัฒนาอย่างประเทศไทยที่มีระบบการป้องกันการแข่งขันทางการค้าที่ไม่เป็นธรรมอันอ่อนแอและขาดประสิทธิภาพ ทั้งการกำหนดให้การใช้มาตรการบังคับใช้สิทธิได้หลังจากมีการใช้กระบวนการยุติธรรมหรือการบริหารก่อนนั้นก็จะทำให้ไม่สามารถใช้มาตรการบังคับใช้สิทธิได้อย่างทันท่วงที อันนับได้ว่าเป็นการขัดกับเจตนารมณ์ของการใช้มาตรการบังคับใช้สิทธิเป็นอย่างยิ่งสำหรับการใช้มาตรการบังคับใช้สิทธิโดยรัฐนั้น ความตกลงการค้าเสรีกำหนดให้ใช้ได้แต่เพื่อการใช้เพื่อประโยชน์สาธารณชนที่ไม่ใช่เชิงพาณิชย์หรือในภาวะฉุกเฉินของชาติเท่านั้น ซึ่งถือเป็นข้อจำกัดที่เข้มงวดกว่าที่กำหนดไว้ในความตกลงทริปส์และในกฎหมายสิทธิบัตรของไทยมาก นอกจากนั้นความตกลงการค้าเสรียังกำหนดห้ามไม่ให้ประเทศคู่ค้ากำหนดให้ผู้ทรงสิทธิบัตรเปิดเผยความลับทางการค้าหรือข้อมูลทางเทคนิคที่เกี่ยวข้องกับผลิตภัณฑ์นั้น ซึ่งหลักการเช่นนี้จะทำให้การใช้มาตรการบังคับใช้สิทธิเป็นไปอย่างไม่มีประสิทธิภาพ เพราะแม้หากประเทศนั้นใช้มาตรการบังคับใช้สิทธิ การผลิตผลิตภัณฑ์นั้นก็จะไม่มีคุณภาพทัดเทียมกับผลิตภัณฑ์ที่ผลิตโดยผู้ทรงสิทธิบัตร ซึ่งจะก่อให้เกิดความเสียหายแก่ประชาชนโดยรวมของประเทศ โดยเฉพาะอย่างยิ่งหากเป็นการใช้มาตรการบังคับใช้สิทธิกับผลิตภัณฑ์ยาที่จะมีผลกระทบต่อสุขภาพอนามัยของประชาชน นอกจากนี้ ความตกลงการค้าเสรียังกำหนดให้รัฐต้องจ่ายค่าตอบแทนความเสียหายให้แก่ผู้ทรงสิทธิบัตรทั้งหมด (entire compensation) อีกด้วย ซึ่งหมายความว่ารัฐต้องจ่ายค่าตอบแทนผลประโยชน์ให้กับผู้ทรงสิทธิเป็นจำนวนเท่ากับกำไรที่ผู้ทรงสิทธิจะได้รับจากการจำหน่ายผลิตภัณฑ์ตามจำนวนที่รัฐผลิตขึ้นโดยผู้ทรงสิทธิไม่จำเป็นต้องนำผลิตภัณฑ์นั้นออกจำหน่ายเลย หลักการเช่นนี้ไม่เพียงแต่ละเลยประโยชน์สุขของสาธารณชนเท่านั้น แต่ยังขัดกับความตกลงทริปส์อีกด้วย เพราะความตกลงทริปส์เพียงแต่กำหนดให้รัฐจ่ายค่าตอบแทนแก่ผู้ทรงสิทธิอย่างเพียงพอโดยคำนึงถึงคุณค่าทางเศรษฐกิจของการอนุญาตนั้น (adequate remuneration in the circumstance of each case, taking into account the economic value of the authorization)
